Tại các địa bàn triển khai, trong trường hợp người nộp thuế (NNT) lo lắng về độ an toàn của hệ thống, chưa tin tưởng vào cán bộ (kế toán) thực hiện giao dịch nộp thuế điện tử (NTĐT), Tổng cục Thuế giới thiệu 3 phương án đảm bảo việc nộp thuế điện tử được giám đốc chi nhánh ngân hàng phê duyệt.